Wenn man Antibiotika einnimmt, kann es zu Veränderungen der Darmflora kommen, die wiederum die Aufnahme von Nährstoffen beeinflussen können. Insbesondere können Antibiotika die Aufnahme von Vitamin K und einigen B-Vitaminen wie B1, B2, B3, B5 und B12 beeinträchtigen. Darüber hinaus kann die Einnahme von Antibiotika die Ausscheidung von Mineralstoffen wie Magnesium, Kalium und Calcium erhöhen.

Eine Studie von Lönnermark et al. (2010) zeigte, dass die Einnahme von Antibiotika die Aufnahme von Vitamin K beeinträchtigen kann. Die Autoren berichten, dass Patienten, die Antibiotika einnahmen, einen niedrigeren Vitamin-K-Spiegel hatten als Patienten, die keine Antibiotika einnahmen. Die Studie empfiehlt, dass Patienten, die Antibiotika einnehmen, möglicherweise eine erhöhte Aufnahme von Vitamin K benötigen, um den niedrigeren Spiegel auszugleichen.

Eine weitere Studie von Hvas et al. (2004) ergab, dass die Einnahme von Antibiotika die Aufnahme von Vitamin B12 beeinträchtigen kann.